VIBRIOMANCHE - Ecologie des vibrions en milieu marin : déterminisme des facteurs environnementaux sur la dynamique de Vibrio spp. et sur l'émergence de souches pathogènes pour l'homme en Manche

Projet national (2009-2012) réalisé en partenariat avec : EDF R&D (Laboratoire National Hydraulique Environnement, Chatou) et l’Institut Pasteur de Lille (financement EDF / Ifremer / IPL).

L’évolution potentielle du risque sanitaire en France associé à la présence des vibrions en milieu marin et estuarien et l’évolution du contexte réglementaire associé (national et international), justifient des études renforcées sur le littoral français. En l’absence de seuils réglementaires en France aujourd’hui, le suivi des concentrations de vibrions dans le milieu marin ou estuarien reste un élément indispensable à l’évaluation du risque microbiologique et à son évolution.

Les objectifs principaux du projet VibrioManche étaient 1) d’acquérir des méthodologies ou des outils de surveillance des vibrions (stratégie d’échantillonnage adaptée, méthodes de mesures sensibles et rapides, évaluation de la pathogénicité des souches, indicateurs environnementaux…), et 2) de capitaliser des données permettant de contribuer aux phases d’une analyse de risque sanitaire microbiologique « vibrions » au niveau des sites susceptibles d’être concernés par cette problématique et notamment : a) la distribution spatiale et saisonnière de différentes espèces de vibrions dans la zone

marine ; b) la proportion de souches potentiellement pathogènes dans cette zone ; et c) les facteurs environnementaux prépondérants sur leur diversité et la proportion de souches potentiellement pathogènes.

Dans ce contexte, une étude environnementale a été conduite en Manche-Mer du Nord entre mai 2009 et septembre 2011 (9 campagnes de prélèvements). Les populations de Vibrio spp. cultivables associées à un risque sanitaire humain (37°C) et celles associées à un risque sanitaire animal voire humain et reflétant davantage la diversité des espèces naturellement présentes dans cet environnement marin (22°C) ont été recherchées dans l’eau de mer et les sédiments et caractérisées. Parmi les 4000 souches Vibrio spp. isolées et identifiées par PCR en temps réel et/ou séquençage des gènes pyrH et toxR (Tall et al., 2012, 2013), 17 espèces ont été recensées (9 campagnes) à 37°C, V. alginolyticus (>55%) et V. harveyi (>10%) étant les plus représentées (groupe V. harveyi), et les pathogènes humains étant rares. Parmi les 27 espèces isolées à 22°C (7 campagnes), V. splendidus est dominante en hiver et V. celticus en été (groupe V. splendidus). Des différences marquées sont observées dans la structure des populations Vibrio spp. à 22°C d’une saison à l’autre  Les abondances des vibrions cultivables à 37°C et à 22°C présentent également des dynamiques saisonnières distinctes, celle des populations à 37°C étant fortement corrélée à la température de l’eau de mer. De plus, les abondances des Vibrio spp. aux deux températures sont corrélées positivement à l’abondance en zooplancton.

Les outils développés (PCR en temps réel et séquençage du gène pyrH) sont d’intérêt 1) pour de futures études concernant la caractérisation et le suivi des populations environnementales de Vibrio cultivables à 37°C présentant un risque potentiel en santé publique et 2) pour l’identification de plusieurs espèces cibles potentiellement pathogènes d’organismes marins dont la dynamique devra être étudiée pour mieux comprendre leur écologie, leur réponse aux variations environnementales et leur signification sanitaire. La souchothèque constituée lors de cette étude représente un outil précieux pour les futures études et la communauté scientifique.