MOONSTONE

Moonstone est un projet européen financé par l'EFSA, piloté par le laboratoire et comprenant trois autres partenaires : Erasmus Medical Center (Rotterdam, Pays-Bas), Cefas (Weymouth, Royaume-Uni) et Danish Technical University (Copenhague, Danemark). Ce projet propose d’appliquer les techniques NGS (next generation sequencing) pour étudier la diversité des norovirus dans les huîtres.

Les objectifs spécifiques sont :

1. Évaluer la diversité génétique des norovirus sur une sélection d'échantillons d’huîtres détectées contaminées par les norovirus lors de l’étude européenne sur la prévalence des norovirus dans les huîtres réalisées en 2016-2018. Des lots d'huîtres impliquées dans des épidémies et les échantillons de selles prélevés chez les consommateurs malades seront également analysés.
2. Évaluer et comparer la capacité des trois approches NGS - métagénomique ciblée et métagenomique (VirCapSeq et MinIon) à caractériser la diversité génétique des norovirus.
3. Évaluer comment les résultats NGS des différentes méthodes peuvent être utilisés pour déterminer le lien épidémiologique entre les souches de norovirus provenant de différentes sources, y compris le mélange possible de différents génotypes dans la même matrice et les recombinants.
4. Réaliser une analyse rétrospective des séquences obtenues à partir d'échantillons provenant des épidémies liées à la consommation d'huître, afin d'étudier la faisabilité du NGS comme outil d'identification des sources et des voies de transmission.