PHOBI (PHOqueBactériesvIrus)

Les phoques : une source potentielle de contamination fécale bactérienne et virale du littoral ?

PHOBI est un projet financé par la direction scientifique de l’Ifremer et porté par Michèle Gourmelon*, chercheuse en bactériologie à Brest. Les échantillons de fèces de phoques de Saint-Pierre et Miquelon ont été collectés par Herlé Goraguer de la délégation de Saint –Pierre et Miquelon. Cécile Le Mennec intervient sur l'analyse en métagénomique virale sur ces fécès.

Les phoques, mammifères marins sauvages protégés, présents en nombre important sur certains sites, sont suspectés d’être à l'origine de potentielles contaminations microbiologiques du littoral par leurs fèces. L’observation récurrente de contamination en E. coli, bactérie indicatrice de contamination fécale, sur des sites colonisés par des phoques soulèvent des questions sanitaires. Evaluer les interactions entre les phoques et les activités humaines à Saint-Pierre et Miquelon est un sujet important, car peu de données sont disponibles

Les principaux objectifs de ce projet sont : 1) de caractériser la diversité microbienne (bactérienne et virale) de fèces de phoques collectées à Saint-Pierre et Miquelon et en France métropolitaine, en utilisant des outils de métagénomique pour évaluer un éventuel risque sanitaire et 2) de développer des marqueurs MST (Microbial Source Tracking) phoque-spécifiques.

*Laboratoire d'Ecologie Pélagique (PDG-ODE-DYNECO-PELAGOS)