NOROCOQAURAY - Contamination des coquillages par les norovirus en rivière d'Auray

Le projet NOROCOQAURAY, porté par le CRC Bretagne Sud et l’Ifremer, a été réalisé avec
le soutien des professionnels, SAUR, Auray Quiberon Terre Atlantique (AQTA), Syndicat
Mixte du Loc’h et du Sal (SMLS), et bénéficie d’un financement de l’Europe (axe 4 du FEP),
l’Etat, la région Bretagne, et le conseil général du Morbihan.

Les norovirus constituent le principal agent impliqué dans l’épidémie de gastro-entérite hivernale. Excrétés en grande quantité dans les selles des personnes infectées, ils sont rejetés à des concentrations importantes dans les eaux usées. Si ces rejets ne sont pas correctement traités, les norovirus peuvent être rejetés en milieu littoral et constituer un risque sanitaire après bioaccumulation par les mollusques bivalves filtreurs, tel que les huîtres creuses.

Lors d’un projet de restructuration d’une station d’épuration à lagunage aéré, une étude a été réalisée avec des prélèvements avant, pendant et après la mise en place de la nouvelle station d’épuration équipée d’un système de filtration membranaire. Des prélèvements d’eaux douces et d’huîtres ont été collectés d’octobre 2012 à mai 2014. Neuf points de prélèvements d’eau provenaient de la station d’épuration ou de rejets d’eaux superficielles d’origine urbaine, agricole ou mixte. Six points de prélèvements coquillages étaient répartis sur la zone de production ostréicole exposée aux rejets. Les échantillons d’eaux, ont été concentrés avant l’extraction des particules virales. Pour les coquillages, les virus ont été élués en utilisant une protéinase après dissection des tissus digestifs. Les acides nucléiques viraux ont ensuite été extraits et purifiés en utilisant le kit NucliSens (bioMérieux). L’efficacité d’extraction a été validée grâce à un virus témoin ajouté en quantité connu en début d’analyse. La détection et la quantification des norovirus ont été réalisées en RT-PCR en temps réel. Après validation des courbes de quantification, le nombre de copie d’ARN viral a été calculé et exprimé par gramme de tissus digestif ou par litre.

Malgré des difficultés techniques dues à la présence d’inhibiteurs de PCR, les norovirus ont été détectés dans 23% des prélèvements d’eau superficielle durant la première année. Aucun norovirus n’a été détecté dans les 78 échantillons d’eau superficielle analysés durant la deuxième année. Pour les eaux brutes de station d’épuration, les concentrations en norovirus ont varié entre la limite de détection (10³ cARN/L) et 10⁷ cARN/L. L’abattement moyen avant le changement de système de traitement a été calculé à environ 3 log (cARN/L) avec des effluents positifs (76%) pouvant atteindre 10⁶ cARN/L. Après le passage au traitement membranaire, seul un effluent sur 12 a été détecté positif, démontrant l’efficacité du nouveau système de traitement. Pour les huîtres, 42% des prélèvements ont été trouvés contaminés par des nnorovirus.

Cette étude a permis de démontrer l’amélioration de la qualité microbiologique du rejet de la station d’épuration par la mise en place d’une filière de traitement membranaire. Cependant, après le changement de système de traitement, la présence de norovirus dans les huîtres a été détectée. Les norovirus étant exclusivement d’origine humaine, la maîtrise, non seulement des stations d’épuration, mais aussi du réseau d’assainissement en amont des zones conchylicoles est à privilégier pour limiter la contamination virale des coquillages.