Réseau ROME

Le projet ROME est un réseau d’observation, récemment mis en place à l’IFREMER. Ce réseau, basé sur l’ADN et l’ARN environnemental, utilise les méthodes de séquençage –omiques pour étudier la présence et la dynamique des virus, bactéries, protiste et phytoplancton sur les côtes françaises.

L’implication du LSEM dans ce réseau d’observation est importante. En premier lieu lors de la conception et la mise en place de ce réseau, le LSEM a apporté sa compétence dans le choix des sites d’étude. Pour cela il s’est appuyé sur les connaissances acquises par le REMI, les études sanitaires ou des projets de recherche sur un site précis comme l’étang de Thau. En second, les développements réalisés par le LSEM sur les méthodes d’analyse des communautés virales à ARN d’origine humaine, comme la métagénomique ciblé ainsi que la bio-informatique associée, dans les projets européens Compare ou VEO, ont permis de proposer des protocoles et nos compétences au réseau ROME. Des protocoles complémentaires ont également été élaboré et testés pour analyser l'eau de mer, matrice peu étudiée auparavant au laboratoire. Ces protocoles sont basés sur des publications issues de projet, comme TARA Océan.

Depuis le lancement du réseau, Le LSEM s’emploie à étudier les virus à ARN, ciblant ceux d’origine humaine, sur les échantillons d’eau du large et ceux subissant les apports anthropiques (2x1L/mois) ainsi que sur les huitres creuses (1 échantillon/mois) pour les 4 sites sélectionnés. Pour cela, les protocoles utilisés démarrent de la préparation de l’échantillon, la concentration des virus, l’extraction des acides nucléiques et à la préparation des librairies. Le séquençage est externalisé, mais l’analyse bioinformatique est réalisé au LSEM, en collaboration avec le SeBIMER. Le LSEM a également la charge de préparer les échantillons d’huitres creuse pour l’analyse des communautés bactériennes, protistes et virus à ADN. Pour cela, après un « flash-freeze » et broyage dans de l’azote liquide, l’ADN et l’ARN sont extrait conjointement avec un kit ALL PREP (Qiagen). La totalité des extraits, des échantillons et des données brutes seront conservés pour permettre de futures analyses.

Ce réseau d’observation a pour but d’étudier différentes communautés de microorganisme sur des échantillons identiques. Cela peut nous permettre d’appréhender les relations entre les virus à ARN et les autres microorganismes mais également par l’utilisation de la métagénomique, d’observer l’émergence de souches potentiellement pathogène.