Diversité des norovirus et du virus de l’hépatite E dans les eaux usées urbaines et d’abattoirs.

Partenaires et co-porteurs du projet : LSEM et Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie des Matériaux (LCPME, CNRS – Université de Lorraine).

Financement : Obépine

 

Le LSEM et le LCPME font partie des fondateurs du réseau Obépine (Observatoire Epidémiologique dans les Eaux Usées), qui s’est organisé au printemps 2020 pour mettre œuvre la surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées non traitées. Ces eaux usées brutes, en entrée de station d’épuration ou dans les réseaux de collecte, se sont révélées un outil très efficace pour suivre, voire anticiper, la circulation du SARS-CoV-2 dans les populations desservies. Les membres d’Obépine, en préparation du projet de plate-forme Obépine+, ont ensuite choisi de soutenir des projets qui visent à élargir les travaux à d’autres virus présents dans les eaux usées.

Avec le LCPME, le LSEM a proposé un projet portant sur la mise au point de méthodes pour étudier la diversité des norovirus et du virus de l’hépatite E (VHE) dans les eaux usées.

Le VHE est responsable d’hépatites aiguës chez l’humain. Le génotype 3 qui circule en Europe est un virus porcin qui a émergé récemment dans la population humaine. Il se transmet du porc aux humains principalement par la consommation de produits porcins mal cuits. La prévalence du VHE en France est très variable suivant les régions. S’il peut être détecté dans les eaux usées, sa faible concentration nécessite la mise au point de protocoles permettant l’analyse de grands volumes afin de fiabiliser les analyses. Son séquençage permettrait de mieux comprendre la circulation des différentes souches, chez l’humain et chez les porcs, et entre ces deux hôtes.

Les norovirus sont les principaux agents de la gastroentérite aiguë virale. Ils sont présents en grandes quantités dans les eaux usées. Ils se caractérisent également par une grande diversité génétique, mais les outils diagnostics en usage ne permettent pas de les différencier. Les eaux usées pourraient permettre de mieux comprendre la circulation des différents génotypes dans la population humaine et de la relier à la survenue d’épidémies saisonnières. Par ailleurs, des norovirus du génogroupe II infectant les porcs sont très proches génétiquement des virus humains. Si aucun cas de transmission du porc à l’humain n’a été documenté, le séquençage permettrait de mieux connaître le niveau de circulation de ces souches porcines, chez les animaux avec les eaux usées d’abattoirs, et chez l’humain dans des eaux usées urbaines.

Des outils similaires sont à développer pour l’étude de la diversité de ces deux virus dans les eaux usées : des protocoles de concentration des eaux usées urbaines et d’abattoirs, des protocoles de séquençage sensibles et robustes permettant leur génotypage, et des outils bioinformatiques pour l’analyse des données obtenues.

Au LSEM, ce projet est porté par Marion Desdouits et fait l’objet d’un post-doctorat d’une durée de 18 mois.