PEACH
Pathogènes Entériques Associés à l’environnement Côtier et aux Huîtres
A l’interface avec l’environnement marin, les huîtres peuvent filtrer plus de 200 litres d'eau par jour. C’est ainsi qu’elles peuvent concentrer des bactéries pathogènes pour l’Homme présentes dans les eaux littorales, et révéler la contamination environnante. Mais aller chercher ces bactéries n'est pas chose facile et il est crucial d’élaborer des outils d’identification performants. Ceci requiert de mieux connaître ces pathogènes et nous proposons donc de caractériser des bactéries entériques isolées de coquillages.
Les bactéries entériques pathogènes de l’Homme trouvent leur source principale dans le tractus gastro-intestinal des mammifères. Ce réservoir animal est une source importante de danger car les matières fécales, dans les effluents d’élevage et dans les eaux usées, peuvent contaminer le bassin versant, le littoral et atteindre les zones de productions conchylicoles. Comprendre le devenir des agents pathogènes constitue une question de recherche importante pour comprendre et leur présence dans coquillages témoignent de la contamination environnementale prenant son origine dans les activités humaines.
De nos jours, Salmonella et Campylobacter sont les deux genres bactériens principalement responsables de maladies diarrhéiques. Ils peuvent également contaminer les coquillages. Compte tenu des sources de contamination du littoral, liées aux activités anthropiques, nous pouvons anticiper une diversité importante de bactéries, même au-delà de ces espèces. Un travail exploratoire est donc primordial pour mieux appréhender cette diversité et détecter d’éventuels pathogènes émergents.
Le projet PEACH s’inscrit directement dans cette problématique en contribuant aux besoins de développement de connaissances de la diversité de ces agents pathogènes dans les coquillages et leur pathogénicité. Il vise à :
- Nous chercherons tout d’abord à optimiser l’isolement de bactéries entériques pathogènes pour l’Homme, à partir de coquillages de sites vulnérables à la contamination (suivis mensuel). Nous rechercherons les genres Salmonella, Campylobacter, Escherichia, Enterobacter ou encore Klebsiella (ces 3 derniers faisant parti des pathogènes prioritaires ESKAPEE).
- Nous caractériserons ces pathogènes au niveau génomique (par séquençage de génomes complets) afin d’évaluer leur diversité et prédire leurs facteurs de virulence.
- En complément des analyses génomiques, une caractérisation physiologique des souches bactériennes environnementales sera initiée, afin d’étudier leur pathogénicité et antibiorésistance.
La combinaison d’approches complémentaires, par approches culturales et par NGS pour la caractérisation génomique, permettra de mettre en place les outils nécessaires pour le suivi des pathogènes connus ou émergents, et collecter des isolats bactériens pour étudier leurs mécanismes de pathogénicité.
Le traitement des données -omiques se fera en collaboration avec le service bio-informatique de l’Ifremer (SeBiMER).
Pour toute question ou manifestation d’intérêt, merci de contacter la coordinatrice :
cecile.philippe@ifremer.fr